Cesarz bowiem, jako gorliwy katolik postanowił wykorzenić inne odłamy chrześcijaństwa z granic państwa, a także zniszczyć miejsca i ośrodki kultu dawnych bóstw pogańskich. Tak więc nowe prawo cesarskie przewidywało dla wyznawców manicheizmu oraz chrześcijan przyłapanych na potajemnym oddawaniu czci dawnym bogom, karę śmierci. Odmawiając przyjęcia nowej wiary w najlepszym wypadku szli na wygnanie i tracili swoje majątki. Restrykcję dotknęły także Żydów, którzy podobnie jak innowiercy zostali pozbawieni prawa do piastowania urzędów państwowych. W roku 529 ofiarą cesarskiego edyktu padła Akademia Platońska, słynąca prawie przez tysiąc lat jako jeden z najważniejszych ośrodków krzewienia filozofii w Europie. Według “Historii tajemnej” Prokopiusza z Cezarei w całym państwie pojawili się donosiciele chętni za sowite nagrody oskarżać o odstępstwa religijne swoich zamożnych sąsiadów. Pojawiła się cenzura, a niewygodne dla cesarza dzieła zaczęły podlegać konfiskacie i paleniu. Jedynie monofizyci cieszyli się w państwie Justyniana względną niezależnością, zapewne za sprawą cesarzowej, która była szczerze oddana temu wyznaniu. Oprócz troski o jedność religijną Justynian przywiązywał ogromną wagę do wizerunku majestatu panującej pary. Zarówno nowemu, czołobitnemu ceremoniałowi dworskiemu, jak i wielkim przedsięwzięciom budowlanym nadawał propagandowy wydźwięk. Liczne wznoszone kościoły, drogi, mosty, akwedukty, łaźnie i inne budowle o charakterze publicznym miały na trwałe wpisać się w świadomość poddanych. Symbolem cesarstwa stał się wzniesiony w latach 532 – 537 kościół Mądrości Bożej (Hagia Sophia). Przetrwał on nie tylko okres cesarstwa, ale i wszystkie późniejsze nawałnice dziejowe.